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    江蘇省四個地方豬種的種質特性和保種研究

    Favour Oluwapelumi OYELAMI  
    【摘要】:太湖流域的江蘇省地方豬種以其在繁殖、適應性、抗病性和肉質等許多經濟特性方面的出色表現而特別出名。本論文以姜曲海豬(JQ),淮北豬(HB),紅燈籠豬(HD)和山豬(SZ)等122頭江蘇省地方豬和70頭對照豬(20頭梅山豬、20頭浦東白豬、10頭杜洛克豬和20頭大白豬)為研究對象,基于基因組簡化測序得到的486,018個SNP數據,重點開展了下列分析工作:(1)基因組SNP標記遺傳多樣性分析在本研究的江蘇品種中,姜曲海豬和山豬的多態位點比(Pn)最高,而西方品種杜洛克的多態性標記比最低。標記雜合度分析顯示,姜曲海豬和山豬的觀測雜合度(Ho)和期望雜合度(He)值也最高,說明這兩個品種的基因組具有較高的遺傳多樣性。(2)單體域構建和單體型多樣性分析:結果表明姜曲海豬具有最長的單體域長度(349.73 Mb約占其基因組的15%),并且聚集成單體域的SNP數量更多。共有和獨特的單體域分析顯示,紅燈籠豬的共有單體域百分比最低,而山豬的最高。除山豬外,其他江蘇豬品種的單體型多樣性均低于本研究中的其他品種。此外,LD分析表明,紅燈籠豬中等LD(r~2≥0.2)跨度區間為500 kb-1000 kb,表明至少需要大約12,000個SNP開展GWAS等遺傳機制解析。在淮北豬中,中等LD寬度區間為40-60 kb,則需要大約40,000至60,000 SNP開展機制解析。相應的,山豬和姜曲海豬的中等LD跨度區間分別為0–10 kb和10–20 kb,這表明在這些品種中進行有效的關聯研究大約需要120,000至240,000個SNP標記。(3)單體域功能注釋分析:進一步檢測了上述單體域中的基因和QTL,并對這些基因進行了基因注釋富集分析。結果顯示在姜曲海豬、淮北豬、紅燈籠豬和山豬四個品種中,分別檢測到約112、115、105和201個QTL區域與單體域重疊。而在上述4個品種中,約有88、52、50和34個基因坐落在這些單體域中。在這些基因中,有4個、8個和6個基因(JQ、HB和SZ)在生物學通路中顯著富集。這些富集基因大多與健康、肉質性狀有關。此外,大多數與所選單體域重疊的QTL與肉質、胴體品質、健康、繁殖以及品種的外部或身體形態特征有關。(4)保種優先性分析:保種優先性分析結果表明山豬對江蘇省遺傳資源的遺傳多樣性貢獻更大,然而,該品種也高度混雜,可能面臨失去其作為一個品種的遺傳獨特性的威脅。有趣的是,當山豬不在分析范圍內時,姜曲海豬品種對江蘇豬的多樣性貢獻更大??偠灾?這項研究基于基因組測序數據初步分析了江蘇四個豬種的種質遺傳特性,并揭示了基因組中連鎖不平衡的模式。該研究結果可能為后續深入開展地方豬的遺傳機制解析和優化這些豬品種保種策略提供一定的指導。


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